工程设计阶段。
对工程设计内容界定不明确，特别是技术改造项目，将不需重新设计的折旧设备及设施的造价计入工程成本，从而使设计费用过高。另一方面，设计深度达不到甲方要求，要么投资失控，要么技术达不到实际要求。
工程施工前期。
第一，工程招标时没有按招标程序公开招标，采用双方私下议标方式，虽然该方式可以为甲方节约招标费用，但由于没有优选施工单位，施工期间施工单位可能先答应甲方的一切苛刻条件，并想方设法把工程揽到手，然后在施工期间通过费用索赔或结算纠纷获利。
第二，关于合同协议内容，目前国家建设部和国家工商总局已联合制定了建设工程施工合同示范文本，但许多业主素质不高，合同协议条款不严密，或与国家法律、法令、条例、技术规范、图纸等相违背，或约定的权利和义务不明确，为日后经济纠纷埋下种子。
第三，建设单位任意指定分包单位，但又不以合同形式明确总包单位与分包单位的权利与义务。
第四，在资金方面，施工准备期内，乙方为揽到工程，会提出一些优惠条件，如带资或垫资承包，结算时又提出利息问题。
工程施工阶段。
第一，工程施工过程中工程量的变更。在施工中，如遇到不利的自然条件和人为障碍，就要增加处理人为障碍的人工、材料和机械费用等。另外，如果一项工程由多家施工，那么就会带来施工配合费用及交叉施工的问题。
第二，有关施工材料方面。如施工中实际用料的数量与质量，与设计料表出入较大，而双方又没有及时沟通，导致结算纠纷；或者施工材料的采购与保管，双方未达成一致，其保管费用引起纠纷。
第三，甲方的特殊要求，如合同以外的检查、试验、加快工程进度、提前占用工程等，引起双方的纠纷。 第四，在工程验收阶段，由于施工工程质量缺陷，如屋面防水不好、引起渗漏等起纠纷。 工程竣工期。
施工单位高估冒算，建设单位片面压价引起同一工程结算价差异较大；工程结算方式，按形象进度结算，存在一定的主观性，容易引起纠纷。
减少纠纷靠管理加强设计环节管理。首先，甲乙双方要加强工程技术方案的沟通，明确双方的责任、义务。
第二，对设计单位严格推行限额设计，一方面要求设计人员加强工程技术经济分析，在限定的投资条件下，优化设计；另一方面以人为本，提高设计人员素质，加大设计深度，力求最大限度使建设方满意。
加强合同履行管理。签订协议尽量采用合同示范文体，对附加条款要仔细推敲，并请有关专家指导；妥善处理合同变更问题。
加强施工各阶段管理。首先要求施工管理人员及预算审定人员要深入现场掌握第一手资料。其次要求施工方在建设方的变更指令下进行施工，然后双方要签定新的协议，以免发生争端。对施工中乙方自购的材料，必须经甲方进行质量认可，避免结算纠份。对隐蔽工程加强检查，完善隐蔽工程现场签证手续。
加强审查管理。竣工结算时，切实本着实事求是的态度，深入细致进行工程施工预算审查。对工程量不重不漏，依据施工组织设计，深入施工现场，实地核实工程量；定额套项合理，基价换算正确，费用计取要与企业资质证书、核定工程类别相符等。